Επανήλθε στον θρόνο του ο Παναθηναϊκός μετά από ένα χρόνο απουσίας από την κορυφή. Η ομάδα του Ζέλικο Ομπράντοβιτς ήταν από την αρχή της χρονιάς το μεγάλο φαβορί για την κατάκτηση του τίτλου και δικαίωσε τις προβλέψεις, κατακτώντας τον 5ο τίτλο του τα τελευταία 6 χρόνια και 24ο συνολικά. Η κυριαρχία του τριφυλλιού ήταν απόλυτη με την κατάκτηση του πρωταθλήματος να έρχεται με τον πλέον πανηγυρικό τρόπο, με την νίκη μέσα στα 'Άνω Λιόσια επί της ΑΕΚ στον τέταρτο τελικό.
Στην κανονική σεζόν οι "πράσινοι" τερμάτισαν στην πρώτη θέση της βαθμολογίας με απολογισμό 21 νίκες- 5 ήττες και στα πλέι οφς ξεπέρασαν τα εμπόδια του Ιωνικού Ν. Φ (92-69. 94-74), Περιστερίου (82-85, 71-69, 78-71), ενώ στον τελικό κέρδισαν την ΑΕΚ με 3-1 νίκες (77-68, 67-72, 84-73, 81-80)
Την ομάδα αποτελούσαν οι: Αλβέρτης, Καλαϊτζής, Παπαδόπουλος, Λάκοβιτς, Φώτσης, Μπαλογιάννης, Κουτλουάι, Μίντλετον, Τσαρτσαρής, Ζούζα, Μακ Ντόναλντ, Μπιούφορντ, Βιδάλης.
2004 Πρωταθλητής Ελλάδος Στην κανονική σεζόν οι "πράσινοι" τερμάτισαν στην πρώτη θέση της βαθμολογίας με απολογισμό 21 νίκες- 5 ήττες και στα πλέι οφς ξεπέρασαν τα εμπόδια του Ιωνικού Ν. Φ (92-69. 94-74), Περιστερίου (82-85, 71-69, 78-71), ενώ στον τελικό κέρδισαν την ΑΕΚ με 3-1 νίκες (77-68, 67-72, 84-73, 81-80)
Την ομάδα αποτελούσαν οι: Αλβέρτης, Καλαϊτζής, Παπαδόπουλος, Λάκοβιτς, Φώτσης, Μπαλογιάννης, Κουτλουάι, Μίντλετον, Τσαρτσαρής, Ζούζα, Μακ Ντόναλντ, Μπιούφορντ, Βιδάλης.
Ο "αυτοκράτορας" διατηρήθηκε και πάλι στον θρόνο του αφού κατέκτησε με χαρακτηριστική ευκολία και το πρωτάθλημα της περιόδου 2003-04 που είναι το 25ο στην ιστορία του. Οι "πράσινοι" ήταν οι κυρίαρχοι της σεζόν κάνοντας επίδειξη δύναμης κυρίως στην φάση των πλέι οφς, κερδίζοντας στον τελικό του πρωταθλήματος το Μαρούσι με 3-0 και νωρίτερα (στον α΄ γύρο) τον Ολυμπιακό με 2-0! Η ομάδα του Ζέλικο Ομπράντοβιτς τερμάτισε στην 1η θέση της κανονικής περιόδου με απολογισμό 22 νίκες- 4 ήττες και ξεκίνησε στα πλέι οφς με τον Ολυμπιακό τον οποίο απέκλεισε από την συνέχεια με 2-0(79-76, 68-63).
Ακολούθησε ο Ηρακλής( 61-57, 55-73, 68-47) για να έλθει η... ώρα του τελικού με το "τριφύλλι" να επικρατεί πανηγυρικά του Αμαρουσίου με 3-0(101-71, 74-85, 77-66). Συνολικά ο Παναθηναϊκός τελείωσε την χρονιά με απολογισμό 29-5!
Οι "πράσινοι" πρωταθλητές ήταν οι: Αλβέρτης, Καλαϊτζής, Παπανικολάου, Λάκοβιτς, Μπατίστ, Μασλαρινός, Χατζηβρέττας, Μίντλετον, Τσαρτσαρής, Γκαγκαλούδης, Μακ Ντόναλντ, Σάκοτα, Κούβαρης, Τζόουνς.
Ακολούθησε ο Ηρακλής( 61-57, 55-73, 68-47) για να έλθει η... ώρα του τελικού με το "τριφύλλι" να επικρατεί πανηγυρικά του Αμαρουσίου με 3-0(101-71, 74-85, 77-66). Συνολικά ο Παναθηναϊκός τελείωσε την χρονιά με απολογισμό 29-5!
Οι "πράσινοι" πρωταθλητές ήταν οι: Αλβέρτης, Καλαϊτζής, Παπανικολάου, Λάκοβιτς, Μπατίστ, Μασλαρινός, Χατζηβρέττας, Μίντλετον, Τσαρτσαρής, Γκαγκαλούδης, Μακ Ντόναλντ, Σάκοτα, Κούβαρης, Τζόουνς.
2005 Πρωταθλητής Ελλάδος
Τον 7ο τίτλο του στα τελευταία 8 χρόνια (και 26ο συνολικά) κατέκτησε ο Παναθηναϊκός επιβεβαιώνοντας για άλλη μία φορά την κυριαρχία του στον Ελληνικό χώρο. Η σεζόν 2004-05 ολοκληρώθηκε με πανηγυρικό τρόπο με τον Παναθηναϊκό να κερδίζει στον τελικό την ΑΕΚ με 3-1 νίκες, κάνοντας το «μπρέϊκ»! Οι «πράσινοι» από την κανονική σεζόν έδειξαν την υπεροχή τους όταν και τερμάτισαν στην πρώτη θέση με απολογισμό 22 νίκες, 4 ήττες. Στην πρώτη φάση των πλέι οφς ο αντίπαλος ήταν για δεύτερη συνεχόμενη χρονιά ο Ολυμπιακός και το αποτέλεσμα ήταν το... σύνηθες. Αποκλεισμός με 2-0 νίκες (77-74, 95-77) και συνέχεια είχε ο Πανιώνιος τον οποίον απέκλεισε με 3-2 (96-77, 67-69, 92-69, 67-70, 101-57). Στον τελικό το «τριφύλλι» αντιμετώπισε την ΑΕΚ κατακτώντας πανηγυρικά τον τίτλο με 3-1 (78-62, 79-84, 79-71, 87-71). Συνολικά, ο Παναθηναϊκός τελείωσε την σεζόν με απολογισμό 30-7!
Οι "πράσινοι" πρωταθλητές ήταν οι: Αλβέρτης, Καλαϊτζής, Παπανικολάου, Λάκοβιτς, Μπατίστ, Φέμερλινγκ, Χατζηβρέττας, Μίντλετον, Μπάξτερ, Τσαρτσαρής, Διαμαντίδης, Σκεπάνοβιτς, Κουτλουάι, Σάκοτα, Ξανθόπουλος.
2006 Πρωταθλητής Ελλάδος Οι "πράσινοι" πρωταθλητές ήταν οι: Αλβέρτης, Καλαϊτζής, Παπανικολάου, Λάκοβιτς, Μπατίστ, Φέμερλινγκ, Χατζηβρέττας, Μίντλετον, Μπάξτερ, Τσαρτσαρής, Διαμαντίδης, Σκεπάνοβιτς, Κουτλουάι, Σάκοτα, Ξανθόπουλος.
Για ακόμα μία σεζόν ο Παναθηναϊκός επιβεβαίωσε την πλήρη κυριαρχία του στον Ελληνικό χώρο κερδίζοντας πολύ εύκολα το πρωτάθλημα. Η ομάδα του Ζέλικο Ομπράντοβιτς πέτυχε μάλιστα ένα μεγάλο ρεκόρ κατακτώντας τον τίτλο με συνεχόμενα "σουίπ" στα πλέι οφ (δηλαδή χωρίς καμία ήττα). Με αποκορύφωμα την άνετη επικράτηση στον τελικό κερδίζοντας με 3-0 τον ΟΣΦΠ! Συνολικός απολογισμός 32-2 αφού στην κανονική περίοδο έκανε τις δύο μοναδικές του ήττες στη σεζόν. Στην πρώτη φάση των πλέι οφ ο Παναθηναϊκός απέκλεισε εύκολα τον Πανιώνιο με 2-0 (86-69, 104-86), ακολούθησε ο Άρης (3-0) στα ημιτελικά (83-67, 93-71, 79-72) για να έλθει η σειρά του Ολυμπιακού στον τελικό τον οποίον οι παίκτες του Ομπράντοβιτς "σκούπισαν" με 3-0 (82-76, 79-68, 82-70). Προπονητής: Ζέλικο Ομπράντοβιτς
Οι "πράσινοι" πρωταθλητές ήταν οι: Αλβέρτης, Καλαϊτζής, Παπανικολάου, Λάκοβιτς, Μπατίστ, Φέμερλινγκ, Χατζηβρέττας, Σπανούλης, Τσαρτσαρής, Διαμαντίδης, Σκεπάνοβιτς, Τομάσεβιτς, Σάκοτα, Χάντερ.
2007 Πρωταθλητής Ελλάδος Οι "πράσινοι" πρωταθλητές ήταν οι: Αλβέρτης, Καλαϊτζής, Παπανικολάου, Λάκοβιτς, Μπατίστ, Φέμερλινγκ, Χατζηβρέττας, Σπανούλης, Τσαρτσαρής, Διαμαντίδης, Σκεπάνοβιτς, Τομάσεβιτς, Σάκοτα, Χάντερ.
Ο Παναθηναϊκός «παίζει» χωρίς αντίπαλο αφού και το 2007 τον βρήκε πρωταθλητή Ελλάδας,
κερδίζοντας για δεύτερη συνεχόμενη φορά τον Ολυμπιακό στους τελικούς, πιο δύσκολα πάντως από την προηγούμενη σεζόν αφού χρειάστηκαν και τα 5 παιχνίδια για να πανηγυρίσουν οι «πράσινοι» τον τίτλο. Την 1η θέση της κανονικής περιόδου την είχαν κατακτήσει πολύ νωρίς οι «πράσινοι» οι οποίοι στην 1η φάση των πλέι οφς απέκλεισαν το Μαρούσι με 2-0 νίκες(66-58, 73-70 εκτός) για να ακολουθήσει ο Πανιώνιος με ... σκορ 3-0 (85-77, 69-65 εκτός, 85-67) Στους τελικούς ήταν η σειρά του Ολυμπιακού με τον Παναθηναϊκό να επικρατεί με 3-2 νίκες (79-72,72-76, 86-85, 68-78, 89-76) και να κατακτά και αυτόν τον τίτλο με συνολικό απολογισμλο 32-4. Οι "πράσινοι" πρωταθλητές ήταν οι: Αλβέρτης, Ντελκ, Παπανικολάου, Μπετσίροβιτς, Μπατίστ, Σισκάουσκας, Χατζηβρέττας, Ντικούδης, Τσαρτσαρής, Διαμαντίδης, Σάκοτα, Τομάσεβιτς, Βούγιανιτς, Ξανθόπουλος, Γιαφτόκας. 2008 Πρωταθλητής Ελλάδος 
Μετά την κατάκτηση του Κυπέλλου ο Παναθηναϊκός πανηγύρισε και το πρωτάθλημα για την σεζόν 2007-2008 και κατέκτησε το τέταρτο συνεχόμενο νταμπλ της ιστορίας του.
Για μία ακόμα φορά, ο «αιώνιος» αντίπαλός της ομάδας μας, Ολυμπιακός, βρέθηκε απέναντι στον Παναθηναϊκό στους μεγάλους τελικούς, αλλά οι «πράσινοι» έκαναν αυτό που… ξέρουν καλά, με τον Φραγκίσκο Αλβέρτη να σηκώνει μία ακόμα κούπα.
Ο Παναθηναϊκός τερμάτισε πρώτος στο…φίνις της κανονικής περιόδου και έτσι πήρε στα χέρια του το απόλυτο πλεονέκτημα της έδρας μέχρι το τέλος της διαδρομής.
Στην πρώτη φάση των πλέι οφ ο Παναθηναϊκός «σκούπισε» την Ολύμπια Λάρισας (74-55 και 78-58) όπως έκανε και με τον Πανιώνιο στα ημιτελικά (91-75, 80-76, 98-75).
Στους μεγάλους τελικούς οι «πράσινοι» απέδειξαν πως δεν…είχαν αντίπαλο και πήραν το πρωτάθλημα με 3-2 νίκες (83-79, 55-71, 78-67, 57-59, 90-76) κόντρα στον Ολυμπιακό.
Η σύνθεση των πρωταθλητών: Ομπράντοβιτς (προπονητής), Αλβέρτης, Περπέρογλου, Σπανούλης, Μπετσίροβις, Μπατίστ, Ζίζιτς, Χατζηβρέττας, Ντικούδης, Τσαρτσαρής, Διαμαντίδης, Ουίνστον, Τομάσεβιτς, Ταταρούνης, Γιασικεβίτσιους.
2009 Πρωταθλητής Ελλάδας 
Το δεύτερο triple crown, το πέμπτο νταμπλ της ιστορίας του και το 7ο συνεχόμενο πρωτάθλημα αλλά και το 110 πρωτάθλημα τα τελευταία 12 χρόνια πανηγύρισε ο Παναθηναϊκός. Η ομάδα μας ολοκλήρωσε την σεζόν 2008-2009 με τον καλύτερο δυνατό τρόπο αφού μετά την κατάκτηση του Κυπέλλου Ελλάδας και του πέμπτου ευρωπαϊκού της τίτλου, πήρε και το πρωτάθλημα αφού επικράτησε του Ολυμπιακού με συνολικό σκορ 3-1.
Αν και ο Παναθηναϊκός τερμάτισε στην δεύτερη θέση της κανονικής περιόδου (22 νίκες και 4 ήττες), με τον Ολυμπιακό να παίρνει την πρώτη θέση (25-1) και το πλεονέκτημα έδρας η ομάδα του Ζέλιμιρ Ομπράντοβιτς διατήρησε και φέτος τα ηνία.
Αφού απέκλεισε με 2-0 τον ΠΑΟΚ στην πρώτη φάση των πλέι οφ, έπραξε το ίδιο και στα ημιτελικά κόντρα στον Άρη, (3-0) και εν συνεχεία αντιμετώπισε τον Ολυμπιακό στους τελικούς με μειονέκτημα έδρας.
Η καλή…μέρα φάνηκε από το πρωί και στον πρώτο, κιόλας, τελικό ο Παναθηναϊκός «έσπασε» την έδρα των «ερυθρόλευκων» και επικράτησε μέσα στο Στάδιο Ειρήνης και Φιλίας με 69-67 και ανέκτησε το πλεονέκτημα. Το 2-0 έγινε με τυπικές και…εντυπωσιακές διαδικασίες (91-64), ο Ολυμπιακός μείωσε σε 2-1(74-70) και μέσα στο κατάμεστο κλειστό των Ολυμπιακών εγκαταστάσεων «γράφτηκε» το 3-1 και το 94-81 με τον Παναθηναϊκός να πανηγυρίζει το 30ο πρωτάθλημα της ιστορίας του.
Η σύνθεση των πρωταθλητών: Ομπράντοβιτς (προπονητής), Αλβέρτης, Κέτσμαν, Σπανούλης, Περπέρογλου, Μπατίστ, Φώτσης, Χατζηβρέττας, Νίκολας, Τσαρτσαρής, Διαμαντίδης, Πέκοβιτς, Σάκοτα, Βεργίνης, Σερμαντίνι, Γιασικεβίτσιους
2010 Πρωταθλητής Ελλάδας
8o συνεχόμενο πρωτάθλημα για τον Παναθηναϊκό και31ο συνολικά. Οι πράσινοι έφτασαν άνετα στους τελικούς της Α1 και κατέκτησαν ακόμη πιο... άνετα τον ΟΣΦΠ με 3-1 νίκες κάνοντας μάλιστε το break στο ΣΕΦ. Η σύνθεση των πρωταθλητών: Σερμαντίνι, Τέπιτς, Σπανούλης , Περπέρογλου, Μπατίστ, Φώτσης, Γιασικεβίτσιους, Νίκολας, Τσαρτσαρής, Διαμαντίδης, Πέκοβιτς, Καλάθης, Μπόγρης
